Về nguyên nhân tại sao vua Quang Trung mất, theo lời kể phổ biến nhất, vào một buổi chiều mùa thu năm 1792, vua đang ngồi làm việc thì đột nhiên bị chóng mặt, đầu óc tối sầm và bất tỉnh. Người ta cũng tìm thấy từ các ghi chép lịch sử các yếu tố chẩn đoán quan trọng đã được ghi lại trong cái chết của vua Quang Trung. Tình trạng cơ bản của vua Quang Trung lúc đó là: Trẻ (40 tuổi) ; đau đầu dữ dội, đột ngột; chóng mặt, choáng váng; mắt tối sầm; hôn mê, ngất xỉu đột ngột; tại thời điểm xảy ra tình trạng đó thì không có hoạt động thể chất, không chấn thương đầu; sau đó tỉnh lại, không hôn mê kéo dài. Theo kiến thức y học hiện đại và các tài liệu lịch sử, có thể kết luận rằng vua Quang Trung băng hà vì hai khả năng sau: Xuất huyết não do vỡ mạch (tai biến mạch máu não) và tràn dịch màng phổi dẫn đến suy hô hấp. Theo cuốn "Ngụy Tây liệt truyện" - tư liệu lịch sử ghi chép trong sử sách chính thống của nhà Nguyễn có viết rằng: Một buổi chiều, Quang Trung đang ngồi, bỗng nhiên trước mắt tối sầm, nhìn thấy một ông lão tóc bạc phơ từ trên trời giáng xuống, mặc áo trắng, tay cầm một cây gậy sắt, giận dữ nói: "Ông cha người sống ở đất của Chúa, đời đời làm dân Chúa Nguyễn, sao phạm đến lăng tẩm!" và lấy gậy đánh vào trán Quang Trung; Quang Trung ngất đi một lúc lâu, từ đó bệnh ngày càng trầm trọng hơn. Câu chuyện này rõ ràng chỉ là để hướng về Chúa Nguyễn và người đầu tiên đã xuống phía nam để mở rộng lãnh thổ là Nguyễn Hoàng, cũng như muốn nói rằng vận mệnh thực sự làm hoàng đế là con cháu Chúa Nguyễn, và bất cứ ai chống lại sẽ bị các vị thần tiêu diệt. Về việc phạm đến lăng tẩm (cũng liên quan đến việc vua Gia Long trả thù nhà Tây Sơn sau này, cũng như những so sánh không hồi kết về Nguyễn Ánh và Nguyễn Huệ ở bao đời sau) thì sử sách còn nhiều tranh cãi. Tuy nhiên giả định bị thần thánh dùng gậy đánh mà chết thì có vẻ hoang đường và không mấy thuyết phục. Những ghi chép này chỉ cho thấy rõ nguyên nhân tại sao vua Quang Trung mất chính là bị tai biến và qua đời sau đó không lâu. Một giả định khác về việc vua Quang Trung mất là do nhà Thanh, bởi vì khi vua Quang Trung lên ngôi, Hoàng đế Càn Long của nhà Thanh đã ban cho Quang Trung một chiếc áo bào, trên đó có thêu hàng chữ: "Xa tâm chiết trục, đa điền thử" có nghĩa đen là: Bụng xe hỏng, chuột đồng nhiều; còn tách chữ ra thì chữ Xa và chữ Tâm ghép lại thành chữ Huệ - tên của vua Quang Trung, chữ Thử là chuột, ứng nghiệm vào năm Tý; có nghĩa là vào năm Tý, vua sẽ mất. Quang Trung lâm bệnh qua đời vào năm Nhâm Tý (1792). Tuy nhiên, giả thuyết trên cũng không hợp lý vì Quang Trung là vua một nước, chắc chắn chiếc áo phải được xem xét kỹ càng chứ không thể lộ liễu như vậy. Chưa kể, trong trận chiến năm 1789, Quang Trung đã đánh bại 30 vạn quân Thanh và khéo léo đưa hai nước trở lại quan hệ tốt với nhau nên Càn Long rất hòa nhã với Quang Trung. Trong sách "Hoàng Lê nhất thống chí" có viết về việc sau khi Quang Trung quyết chí đánh nhà Thanh, đã cử bề tôi là Vũ Văn Dũng sang nhà Thanh cầu hôn và thu hồi đất Quảng Đông, Quảng Tây. Khi nhà vua sai tướng quân Vũ Văn Dũng sang nhà Thanh, còn gửi chiếu thư vào rằm tháng 4 năm 1791 với nội dung cử Vũ Văn Dũng đứng đầu phụng sự sứ bộ đi nhà Thanh, đồng thời được toàn quyền đòi đất các tỉnh Quảng Đông, Quảng Tây, điều tra phản ứng của nhà Thanh và cầu hôn công chúa để khơi dậy niềm tự ái của vua, dặn Vũ Văn Dũng cẩn thận, thế trận quân sự là từ chuyến đi này. Cuốn "Đại Nam chính biên liệt truyện" cũng nhắc đến câu chuyện này, rằng: Năm Nhâm Tý (1792), Quang Trung ra lệnh làm biểu văn để mang sang nhà Thanh cầu hôn, lấy cớ để gieo bất hòa, nhưng bị bệnh, không đi được. Xét các tài liệu trên thì đúng là Quang Trung xin cưới công chúa nhà Thanh và thu hồi đất ở Quảng Đông, Quảng Tây. Việc đại đế Quang Trung xin cưới công chúa nhà Thanh và lấy lại đất là một sự khẳng định địa vị của một kẻ mạnh, và nếu Càn Long từ chối, Quang Trung sẽ xuất binh đánh Trung Quốc. Quân đội của Quang Trung lúc đó rất mạnh, nhà vua nắm trong tay toàn là Tây Sơn hổ tướng nổi tiếng; một khi điều động quân đội, bất kể đối thủ mạnh đến đâu, vua Quang Trung chắc chắn sẽ giành chiến thắng. Người ta nói rằng Hoàng đế Càn Long của triều đại nhà Thanh đã chấp thuận lời cầu hôn của vua Quang Trung, ra lệnh chuẩn bị lễ cưới và định ngày cho công chúa về nước ta. Đối với yêu cầu trả lại hai tỉnh Quảng Đông và Quảng Tây, Càn Long ngoài mặt đồng ý, nhưng thực chất ông chỉ muốn trả tỉnh Quảng Tây làm đất đóng đô và làm "của hồi môn" cho con gái, muốn giữ thể diện. Vua Quang Trung mất giữa lúc đó, là một điều vô cùng đáng tiếc cho lịch sử nước ta. Nếu vua Quang Trung còn sống, chắc hẳn lịch sử nước ta đã khác nhiều. Nói tóm lại, lược qua các giả định thì có thể kết luận rằng vua Quang Trung mất vì bệnh là điều hợp lý nhất. Nhà vua có thể mắc bệnh cao huyết áp đã lâu, Nam Bắc chinh chiến, lại là người chỉ huy công việc với cường độ cao, đột quỵ như vậy có thể do làm việc quá sức dẫn đến tai biến mạch máu não.
Tiểu sử vua Quang Trung Quang Trung - Nguyễn Huệ sinh năm 1753, mất ngày 16 tháng 9 năm 1792, là hoàng đế trị vì nước Đại Việt từ ngày 22 tháng 12 năm 1788 đến khi ông qua đời. Ông còn có tên là Nguyễn Quang Bình, Nguyễn Văn Huệ, Hồ Thơm; quê gốc Nghệ An. Theo sách Lịch sử nội chiến Việt Nam từ 1771 đến 1802, tổ tiên Nhà Tây Sơn vốn là họ Hồ ở làng Hương Cái, huyện Hưng Nguyên, tỉnh Nghệ An, dòng dõi Hồ Quý Ly. Ông cố (cụ nội) của Nguyễn Huệ tên là Hồ Phi Long, sinh được một người con trai tên là Hồ Phi Tiễn. Hồ Phi Tiễn không theo việc nông mà đi buôn trầu ở ấp Tây Sơn, cưới vợ và định cư tại đó. Vợ của Hồ Phi Tiễn họ Nguyễn, là con gái duy nhất của một phú thương đất Phú Lạc; do đó họ đặt tên con mình là Nguyễn Phi Phúc theo họ mẹ (Cũng có tài liệu cho rằng họ Hồ đã đổi theo họ Chúa Nguyễn ngay từ khi mới vào Nam). Nguyễn Phi Phúc có 8 người con, trong đó có 3 con trai: Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ và Nguyễn Lữ, được mệnh danh là 'Tây Sơn tam kiệt ", là những lãnh đạo của cuộc khởi nghĩa Tây Sơn, chấm dứt cuộc nội chiến Trịnh - Nguyễn phân tranh giữa hai tập đoàn phong kiến Trịnh ở phía bắc và Nguyễn ở phía nam, lật đổ hai tập đoàn này cùng Nhà Hậu Lê, chấm dứt tình trạng phân biệt Đàng Trong - Đàng Ngoài kéo dài suốt 2 thế kỷ. Ngoài ra, Quang Trung còn là người đánh bại các cuộc xâm lược Đại Việt của Xiêm La từ phía nam, của Đại Thanh từ phía bắc. Bản thân ông đã cầm quân chiến đấu từ năm 18 tuổi, trong 20 năm liền đã trải qua hàng chục trận đánh lớn, và chưa thua một trận nào. Nhà sử học Phan Huy Lê đã đánh giá" Quang Trung không chỉ là một nhà quân sự lỗi lạc mà còn là một nhà chính trị có biệt tài". Với nhãn quan tiến bộ, chỉ trong 3 năm, ông đã liên tiếp đề ra nhiều kế hoạch cải cách tiến bộ trong kinh tế, văn hóa, giáo dục, quân sự.. nhằm xây dựng đất nước và tiếp thu khoa học kỹ thuật hiện đại từ phương Tây. Về nhân sự, ông đã xuống chiếu cầu hiền và trọng dụng nhiều nhân tài như Ngô Thì Nhậm, Phan Huy Ích, Nguyễn Thiệp, Nguyễn Huy Lượng.. Về quân sự, ông cho xây dựng quân đội trang bị hiện đại. Về kinh tế, ông cải cách chế độ đinh điền và ruộng đất, khuyến khích thủ công nghiệp, mở rộng ngoại thương với phương Tây. Về giáo dục, ông cải tiến thi cử theo hướng thiết thực và ban hành chính sách khuyến học, khuyến khích dùng chữ Nôm thuần Việt thay cho chữ Hán, sắp xếp lại chùa chiền dư thừa và bài trừ mê tín dị đoan. Giới sử học đánh giá rất cao những cải cách này bởi chúng mang xu hướng rất tiến bộ và vượt trên các nước châu Á đương thời, có thể đưa đất nước thoát khỏi sự trì trệ đã kéo dài trên 100 năm của chế độ phong kiến thời Trịnh - Nguyễn. Cuộc đời hoạt động của Nguyễn Huệ đã đóng góp quyết định vào sự nghiệp thống nhất đất nước của triều đại Tây Sơn. Sau 20 năm liên tục chinh chiến và 3 năm trị nước, khi tình hình đất nước bắt đầu có chuyển biến tốt thì Quang Trung đột ngột qua đời ở tuổi 39. Sau cái chết của ông, Nhà Tây Sơn suy yếu nhanh chóng. Người kế vị ông là Quang Toản vẫn còn quá nhỏ (9 tuổi) nên không đủ khả năng để lãnh đạo Đại Việt, triều đình lâm vào mâu thuẫn nội bộ và đã thất bại trong việc tiếp tục chống lại Nguyễn Ánh.
