Tuy chỉ là loài vật bé nhỏ, nhưng ruồi giấm được coi là bảo bối của nhà di truyền học người Mỹ Thomas Morgan. Vì sao Morgan lại lựa chọn ruồi giấm làm đối tượng nghiên cứu di truyền? Bởi vì tốc độ tăng trưởng nhanh chóng của ruồi giấm, trong một năm có thể sinh ra khoảng 30 thế hệ, ruồi giấm có kích thước nhỏ hơn hạt gạo, cho dù chỉ có một chiếc lọ nhỏ, cũng có thể dễ dàng nuôi dưỡng ruồi giấm. Tuy nhiên, việc nghiên cứu ban đầu của Morgan không mấy thuận lợi. Ông nuôi ruồi giấm trong ba năm, nhưng việc nghiên cứu lại không mấy tiến triển. Mãi tới một ngày tháng 5/1910, trong đám ruồi giấm mắt đỏ ở "phòng thí nghiệm ruồi giấm" đột nhiên xuất hiện một con ruồi giấm đực mắt trắng . Morgan đặc biệt yêu quý con ruồi giấm đực mắt trắng này, mỗi tối mang nó về nhà đặt ở đầu giường, sáng sớm hôm sau lại mang nó quay trở lại phòng thí nghiệm. Trước khi con ruồi mắt trắng này chết, Morgan còn nỗ lực tìm ruồi giấm mắt đỏ để gây giống cho nó. Ông rất muốn biết, thế hệ của ruồi giấm đực mắt trắng sẽ như thế nào? Trước tiên, Morgan cho kết hợp ruồi đực mắt trắng với ruồi cái mắt đỏ, thế hệ con lai đầu tiên là ruồi giấm mắt đỏ, điều này cho thấy mắt trắng chỉ là tính lặn . Morgan lại cho thế hệ F1 lai với nhau, trong thế hệ F2 , tỉ lệ ruồi mắt trắng và ruồi mắt đỏ thu được tương đương kết quả thí nghiệm đậu Hà Lan của Mendel là 3: 1. Kết quả này xem ra không có gì ngạc nhiên. Tuy nhiên, Morgan đã nhận thấy một hiện tượng rất lạ: 1/4 số lượng ruồi giấm mắt trắng đều là con đực ! Để tìm hiểu nguyên nhân, Morgan tập trung nghiên cứu về nhiễm sắc thể của ruồi giấm. Trong thế bào soma của ruồi giấm có 4 cặp nhiễm sắc thể, trong đó có 3 cặp nhiễm sắc thể thường, con cái là XX, con được là XY. Morgan cho rằng, nếu các gen kiểm soát ruồi giấm là mắt đỏ hay mắt trắng nằm trên nhiễm sắc thể X, vậy sẽ không có alen này trên nhiễm sắc thể Y, đây là giải thích hợp lý cho kết quả thí nghiệm. Giả sử gen mắt trắng là w, gen mắt đỏ là W. Vậy thì kiểu gen của ruồi giấm đực mắt trắng là XwY, tạo ra hai loại tinh trùng làXw và Y ; kiểu hen của ruồi giấm cái mắt đỏ là XWXW, tạo ra một loại trứng là XW . Trong thế hệ con lai F1, một nửa là kiểu gen XWXw, kiểu hình là ruồi giấm cái mắt đỏ;một nửa khác có kiểu gen XWY, kiểu hình là ruồi giấm đực mắt đỏ. XWY tạo ra hai loại tinh trùng là XW và Y, XWXw tạo ra hai loại trứng là XW và Xw, kiểu hình của thế hệ con lai F2 sẽ là: 2/4 ruồi giấm cái mắt đỏ; 1/4 ruồi giấm đực mắt đỏ; 1/4 ruồi giấm đực mắt trắng. Ngay sau đó, Morgan và học sinh của ông đã phát hiện một vài tính trạng khác của ruồi giấm, như mắt vàng, mắt chu sa.. cũng có đặc điểm di truyền giống tính trạng mắt trắng, những tính trạng này đều được giải thích bằng gen nằm trên nhiễm sắc thể Y.
