Những trường hợp điều trị nội khoa không mang lại kết quả, những trường hợp viêm xoang tái phát nhiều lần ảnh hưởng đến chất lượng cuộc sống và những trường hợp viêm xoang có biến chứng cần phải mổ xoang mới đem mong có được kết quả khả quan. Phương pháp phẫu thuật xoang hiện nay có khác gì với những phẫu thuật điều trị viêm xoang trước đây? Phẫu thuật nội soi mũi xoang chức năng có thể thực hiện dưới gây tê hoặc gây mê. Thời gian tiến hành phẫu thuật khoảng 1 – 2 giờ. Phẫu thuật nhằm lấy đi những nguyên nhân làm tắc nghẽn các lỗ thông, tổ chức niêm mạc viêm thoái hóa, và mở rộng các lỗ thông một cách chính xác nhờ một ống nội soi nhỏ giúp nhìn rõ đến tận trong sâu hốc mũi. Kỹ thuật tiên tiến này rất nhẹ nhàng, đã tránh được những phiền hà của phẫu thuật kiểu kinh điển như sưng mặt sau mổ, thời gian lành bệnh dài, cảm giác tê bì vùng má. Phẫu thuật nội soi mũi xoang bảo tồn được cấu trúc và chức năng của các xoang cạnh mũi hạn chế tối đa việc hy sinh quá nhiều niêm mạc còn có khả năng phục hồi như trong các kỹ thuật kinh điển, nên kết quả tốt hơn phương pháp phẫu thuật trước đây. Thời gian phục hồi sau mổ là bao lâu? Khoảng 1 – 2 tuần sau mổ, bệnh nhân (BN) có thể trở lại làm việc. Các xoang được hồi phục hoàn toàn trong khoảng thời gian 6 tuần sau mổ. Sau mổ BN nên được tái khám hàng tuần để lấy bỏ mô hoại tử, rửa sạch các xoang để tránh sẹo xấu sau mổ. BN không nên cạy mũi, chà mũi, đi xa bằng đường hàng không trong một thời gian ngắn. Sau mổ BN nên tái khám theo hẹn để được săn sóc, theo dõi cho đến khi hố mổ lành tốt. Sau mổ, bệnh có thể có tái phát không? Mục đích phẫu thuật là lấy đi những niêm mạc thoái hóa không hồi phục trong các xoang và tái tạo sự thông khí và dẫn lưu của các xoang giúp xoang có thể hoạt động bình thường chứ không xóa bỏ sạch các xoang. Vì thế, sau khi mổ BN vẫn có khả năng bị viêm xoang tái phát nhưng khi đó tình trạng viêm xoang ở mức độ nhẹ hơn và hơn nữa, chúng ta có thể dễ dàng quan sát các xoang và hút sạnh dịch tiết, vì vậy quá trình viêm xoang có thể kiểm soát và điều trị hiệu quả hơn. Tại sao sau mổ, đôi khi vẫn còn trường hợp bệnh không được cải thiện? Nguyên nhân thứ nhất là sau mổ cần một khoảng thời gian có khi vài tháng để tình trạng niêm mạc xoang hồi phục hoàn toàn. Ngoài ra một số nguyên nhân có thể gây nên tình trạng viêm nhiễm kéo dài là: Cơ địa dị ứng, rối loạn miễn dịch, nhiễm trùng các xoang do nấm, sẹo dính.. cũng có thể làm bệnh viêm xoang tái phát. Phẫu thuật là giải pháp cuối cùng sau khi điều trị nội khoa thất bại. – Sau mổ xoang hiệu quả, một số tình trạng bệnh viêm phổi, suyễn, rối loạn tiêu hóa cũng hồi phục rất khả quan, triệu chứng đau răng biến mất ở một số BN, 50% bị Migraine mạn tính có viêm xoang mạn cải thiện sau khi điều trị viêm xoang.